马偕医学院是以基督教的宗旨来建立的一所私立医学院，成立于2009年。
马偕纪念医院的董事会遂于1995年开始筹设医学院，立意以耶稣基督救世服务人群的爱心，效法马偕博士「宁愿烧尽，不愿锈坏之精神，结合马偕纪念医院既有之临床医疗基础、充沛之研究与教学能力，培育富有尊重生命、关怀弱势族群之医疗专业人才，并以基督信仰为基础，提供学生「身、心、灵完整医治」之全人医学教育训练为前提，设校兴学。历经十数年的努力，于2009年3月30日立案申请通过，教育部准予立案并同意于同年开始招生。
马偕医学院初期将成立两个科系——医学系与护理学系，并有生物医学研究所。以一流之教学资源、最佳的课程规划、最人性化的建筑设计、最合理的生师比例、加上丰富的学习资源等，成为一流的医学院，期能与国际名校相匹比。同时也已和国外知名大学洽商合作，尤其将经由基督长老教会的国际资源与著名基督教大学结盟。此外，马偕医学院将提供学生「公费生就学奖助学金」等多项奖学金及减免学杂费办法，鼓励学生奋发向上、减轻家长负担；并以马偕纪念医院为学生实习场所，也将与其他医学中心策略合作，尤其同属台湾基督长老教会系统的彰化基督教医院和新楼医院策略合作。马偕医学院之毕业生马偕纪念医院将优先晋用。
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