二○○七年七月六日正式向教育部提出筹设计划书，经过多次审查会议与会勘之后，二○○八年十二月十五日教育部准予筹设，并于二○○九年元月八日核准本校设立基督教神学研究所招收道学组〈M.Div.〉与基督教研究组〈MCS〉的学生。
二○○九年四月二十日教育部同意设立学校财团法人中华浸信会，台北地方法院于二○○九年六月十六日核发法人证书，并于二○○九年七月十七日完成土地、建物及基金过户。原计划尽速完成立案，并于二○○九学年度在教育部体制下招生，但因过去在内政部体制下的学经历不被教育所承认，没有合格的校长人选，故只好等候立法院通过「教育人员任用条例」之修订。经一年之等候，此条例尚未通过修订，但迫于准予筹设之后必须于三年内完成立案之规定，董事会于二○一○年四月份之会议中决议权宜作法，以徐德修教授之名申请立案，并由现任之蔡瑞益牧师担任副校长治理学校，向教育部申请立案。
二○一○年六月九日接获教育部核准立案登记，并于二○一○年六月十四日核准招生办法。二○一○年七月十日截止报名，七月二十一日至二十二日办理招生。
立案后本校将走上新的里程碑，但仍执着过去办学的方向，虽然在教育部体制下办学对本校而言是新的经验，但若能全然靠主，谨慎自守，儆醒祷告，必能完成主的托付。
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