台东大学依各系所专业领域的特性，统合相关资源，配合地方需求，近、中、远程目标共规划师范、人文、理工等三个学院，其他学院未来视需要再继续规划。
台东大学在作育教育英才之外，将配合台东观光休闲、民族艺术、南岛文化、人文自然景观及体育发展，发展为具有地方特色的学府，带动地方繁荣，提升地方教育文化水准，以后更将发展成区域性、国际性的综合性大学。
台东大学主要开设如下方面的专业课程：数学、美术产业、英美语文学、华语文学、数位媒体与文教产业、生命科学、身心整合与运动休闲产业、应用科学、资讯工程、音乐、资讯管理、绿色科技产业、儿童文学研究、南岛文化研究、区域政策与发展研究、教育、幼儿教育、社会科教育、特殊教育、体育、语文教育研究。
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