香港环境保护署(环保署)于1986年成立，负责统筹及推行预防和管制污染的工作。由1986年至2005年3月31日期间，环保署主要负责执行环保法例和推行环保政策，而环保决策则由相关的政策局制订。为使环保署能发挥更高效率，集中全力处理保护环境的工作，在2005年4月1日，环保署与前环境运输及工务局内负责环保决策的环境科合并。而主管该环境科的常任秘书长则兼任环保署署长。在这项安排下，环保署可同时拟订和推行环保政策。 政府总部决策局于2007年7月1日重组后，新设的环境局负责监督环境保护、自然保育、能源及可持续发展等政策的拟订和推行。 环境局局长下之常任秘书长亦同时兼任为环保署署长。
环保署现时的组织架构辖下主要分为3个营运科、6个政策科、1个跨境科及1个部门事务科。各科的职责如下：
•环境基建科：负责规划、发展和营运废物管理设施，如策略性堆填区、废物转运站、已修复堆填区、化学废物处理中心及发展污泥处理设施等。
•环境评估科：负责评估各项政策与策略性及本地计划的环境影响，并处理根据《环境影响评估条例》提交的环评程序申请事宜。环境评估科亦负责制订环境影响评估与环境噪音管理的政策、策略性规划及工作纲领。
•环保法规管理科：负责执行污染法例，鼓励和协助环保营商，做到遵守或甚至超越环保条例的要求。
•空气质素政策科：负责制订空气质素管理的政策、策略和工作纲领范畴。
•水质政策科：负责为水质管理方面制订政策、策略性规划和发展项目，其中包括规划污水处理政策及由渠务署履行的策略性污水规划和污水处理收集系统基建设施以配合发展需要。
•废物管理政策科：负责制订废物管理的政策、策略和工作纲领范畴，当中包括生产者责任计划以及推行「绿在区区」计划。
•废物管理(特别职务)科：负责制订政策、策略、立法建议、管理及公众參与项目活动，以推行都市固体废物收费，并负责制订建筑废物管理的政策。
•减废及回收科：负责统筹有关减废回收的政策分析和制订的工作，以及执行减废计划和落实推动回收业可持续发展的各项加强措施。
•自然保育及基建规划科：负责制订自然保育政策和发展综合废物管理设施，并且发展有机资源回收中心以及推行减少厨余计划。至于推行自然保育政策的工作则由渔农自然护理署负责。
•跨境及国际事务科：负责与内地及海外机关就共同关注的环保事务保持联系，并协调在本地实施《斯德哥尔摩公约》及《气候变化框架公约》的有关要求。
•部门事务科：负责部门行政支援、会计、资源管理、人力资源管理、资讯技术及知识管理，并且就人力资源管理的改革及部门发展提供支援。
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